El templo consta de una sola nave y crucero,
y sobre éste se alza la cúpula
compuesta por un tambor de ocho lados. En su
interior destaca el retablo mayor, con grandes
columnas salomónicas. Del edificio que
alberga hoy a la Universidad Pontificia, sobresale
el llamado "Claustro de los Estudios",
un grandioso conjunto, obra de García
de Quiñones, con gigantescas columnas
y adornado con balcones, que convierten a éste
en uno de los claustros más hermosos
del barroco universal.